الكمبيوتر الكفي - مشكلة في تعديل تطبيقات النظام

الأخوة الكرام
لدى هاتف GT-S7582
به روم Resurrection Remix مبنى على الإصدار
Android 6.0.1
المشكلة التي تواجهني هي إختفاء تطبيقات النظام من القائمة الـ luncher بعد التعديل عليها
مثلاً :
قمت بتفكيك التطبيق Settings.apk بالأداة Apk Easy Tool
والتعديل عليه في ملف الـ String في المجلد Value و Value-ar
وكذلك ملفات في مجلد الـ xml
ومن ثم تجميع التطبيق وتضمين التوقيع الأصلي
ومن ثم تحويله للهاتف وإستبداله بالتطبيق الرسمي مع تغيير الأذونات إلى 644 بنفس أذونات تطبيق النظام ؛ ومن ثم إعادة تشغيل الهاتف
قبل إعادة تشغيل الهاتف إذا قمت بفتح التطبيق أرى التغيرات التي أدرجتها وبعد إعادة تشغيل الهاتف تختفي أيقونة التطبيق من قائمة الـ Luncher ولا يعمل من أي موقع آخر
وكذلك قمت بتركيبه عن الريكفري FlashZip وما زالت المشكلة.؟
قمت كذلك بتجربة نفس الخطوات على روم lineageOS 13 وكذلك ذات المشكلة
ما سبب المشكلة.؟
هل خطأ في الأذونات .؟
مع العلم أن الروم Deodex
لم تواجهني مسبقاً مثل هذه المشكلة إذ قمت بذات الخطوات في رومات Cynogenmod من الإصدار GB وحتى الإصدار KK